si llevabas con el método poco tiempo y tenías una relación de riesgo días anteriores, no sé si el método llegue a funcionar, porque lo ideal es primero empezar con el método y recién a partir de la segunda aplicada, se puede tener relaciones sin riesgo porque tu cuerpo ya cuenta con la protección de las hormonas en tu cuerpo.
Otra cosa que no ayuda en tu caso, es que no fuiste regular en tu toma de pastillas, porque no las tomabas a una hora específica. Todo en tu caso es confuso, asi que lo mejor que puedes hacer es ir al ginecólogo y consultar con él si conviene o no que sigas tomando las pastillas.