con la pastilla del día siguiente se debe tomar efectivamente cada 12 horas, para que tu cuerpo vaya asimilando la cantidad de hormonas que contiene cada una, pero si ya tomaste las dos juntas, supongo que deben tener el mismo efecto y ya no creo que sea necesario que tomes nuevamente otra dosis de esa pastilla.
Trata de estar tranquila porque no hay riesgo de embarazo, pero a lo mejor tu periodo sufre algunos cambios como la fecha de su llegada.