si tienes la seguridad de que el condón no se rompió y que la totalidad del semen se quedó adentro del preservativo, no debes preocuparte porque no hay riesgo de embarazo. La única manera de que se produzca un embarazo, es que los espermatozoides del semen lleguen a la vagina y fecunden al óvulo, pero como por lo que comentas no es tu caso, entonces tu retraso puede deberse a un tema netamente hormonal.