El retraso de la regla es uno de los efectos comunes de la pastilla debido a la concentración hormonal que posee. Ahora que ese retraso se manifieste tres meses después de haberla tomado y luego de haber tenido dos periodos normales, eso no es normal, en todo caso el retraso se debio dar dentro del primer mes y no tiempo después.
No descartes la posibilidad de un embarazo, para salir de dudas hazte un test de embarazo. Mucha suerte.