si era la primera vez que te aplicabas la inyección anticonceptiva, supongo que el ginecólogo te debió de mencionar que durante el primer mes debes cuidarte con el uso de preservativo hasta esperar que durante ese primer mes, tu cuerpo adapte las hormonas del método y recién en la segunda aplicación podías empezar a tener relaciones sexuales cuidándote sólo con tu método.
Me parece que también cometiste otro error al aplicarte la inyección en tu tercer día de regla, cuando lo recomendado es que la primea vez se aplique en el primer día de sangrado.
Te recomiendo que sólo por precaución, lo consultes co otro ginecólogo y de ser posible que te hagas un chequeo, para verificar si la relación sexual tuvo algún riesgo.