si tomaste la pastilla de emergencia dentro de las 72 horas posterior al acto sexual, hiciste bien porque de esa forma evitaste cualquier posibilidad de embarazo. Debes tener presente que cada cuerpo reacciona de manera distinta a las hormonas de la pastilla y si puede ocurrir como en tu caso, que tengas flujo color marrón porque no olvides que esta pastilla te hará menstruar de manera obligatoria debido a la gran carga hormonal que contiene.
Tranquila que no estás embarazada, todo efecto que tengas se deverá únicamente al efecto de las hormonas en tu cuerpo.