si durante las relaciones sexuales el condón fue bien usado y no hubo eyaculación fuera de el, pues entonces no hay riesgo de embarazo y tu atraso se debe a temas hormonales. Avces la irregularidad en la menstruación se debe a problemas de quistes o a una descompensación en tu sistema hormonal.
Creo que debes ir al ginecólogo para hacerte un chequeo y saber el verdadero motivo de tu irregularidad. Suerte.