si tienes la seguridad de que el sangrado que te llegó fue por la menstruación, eso efectivamente indica que no estás embarazada, pero si hubieron cambios en el sangrado y sólo duró pocos días y la cantidad fue menor a la normal, tal vez podría ser sangrado de fecundación.
Para salir completamente de dudas, hazte una prueba de embarazo a partir de la tercera semana desde esa última relación sexual.