si el condón fue bien usado, no debes preocuparte porque si tienes la seguridad de que el semen se almacenó todo dentro del preservativo y no se rompió o derramó dentro de la vagina, no te preocupes que no hay ningún riesgo.
No olvides que un retraso menstrual, no sólo se debe a un embarazo, sino también está el tema hormonal que puede haber sido generado porque ya no tomas las pastillas anticonceptivas.