Ls molestias que tienes y los flujos que presentas, pueden deberse a problemas hormonales, justamente al no llevar una correcta dosis de la pastilla (tomarlas fuera de hora).
Si bien es cierto no todos los retrasos son por embarazo, si eres consciente que puede haber algún riesgo, lo mejor sería que te hagas una prueba, sólo para salir de dudas. Los quistes y los problemas hormonales, son cosas que también debes descartar mediante el chequeo con el ginecólogo.