si luego de que tuviste relaciones sexuales, te llegó el periodo aunque sea sólo por dos días, eso indica que no hubo fecundación del óvulo y por tanto no estás embarazada.
De todas formas es mejor no tentar a la suerte y siempre cuidarse con algún método anticonceptivo, si lo que deseas es evitar un embarazo no deseado.