Si te cuidaste con preservativo durante el acto sexual y te hicista la prueba de embarazo y salió negativa, eso indica que el método funcionó y que no estás embarazada. Un retraso menstrual, no siempre se debe a un embarazo, hay muchos factores que pueden provocarlo como el mismo estrés, la preocupación de no saber si estás o no embarazada, quistes, etc.
Yo te recomiendo que trates de tranquilizarte ahora que ya sabes que no estás embarazada y eso si, no dejes de ir al médico para saber el verdadero motivo de ese retraso.