a lo mejor puede deberse a un problema de quistes, que son los que pueden llegar a cambiar los ciclos menstruales. Cuando una chica tiene quistes en los ovários, tiende a expulsar esos coágulos de sangre muerta ya que necesita expulsar de alguna forma lo que el cuerpo no expulsa de manera natural y es por eso que recién comienzas a manchar esos puntos marrones luego de la menstruación.
Lo que tienes que hacer es ir con el ginecólogo y contarle tu caso, estoy casi segura que se trata de un problema de quistes, no te asustes ese es un problema bastante frecuente en las mujeres. No dejes de chequearte, saludos.