si has tenido relaciones cuando te encontrabas tomando tus pastillas, creo que en ese caso tienes pocas probabilidades de salir embarazada ya que las pastillas si son bien tomadas y eres constante en su toma si llegan a ser muy efectiva.
Pero la suspensión del periodo, también puede deberse a problemas hormonales que en realidad se supone que ya no deberían existir porque estas con las pastillas. Si sigues notando cosas fueras de los común te recomiendo que vayas con un ginecólogo.