si la pastilla de emergencia la tomaste dentro de las 72 horas posteriores a la primera relación, entonces te sirvió para cuidarte de un embarazo en esa primera ocación, por lo cual tu embarazo se habría producido en la segunda relación.
Tal vez sería bueno que comentes en qué tiempo tomaste la pastilla de emergencia y asi recibir ayuda más concreta. Espero tu respuesta