Lo más probable es que ese color marrón antes del periodo y esos dolores sean porque tu problema de quistes aumentó, al dejar las pastillas anticonceptivas interrumpiste ese proceso de regulación y ahora que también le sumas que tomas las pastillas de emergencias, pues peor te has vuelto una chica totalmente irregular en los periodos y eso es lo que no permite que menstrúes para expulsar esa sangre que es importante eliminar mes a mes. Ve al ginecólogo y hazte una ecografía para ver en qué situación están los quistes, lo más probable es que tu problema se deba a eso.